Нукус расположен в центральной части Каракалпакстана на правом берегу Амударьи, в 800 км к северо-западу от Ташкента (1255 км по дороге).Южная и восточная части города окружены пустыней Кызылкум. Северная часть города граничит с дельтой Амударьи. Климат резко континентальный, сухой, с длительным малооблачным жарким летом. Кунгра́д расположен в дельте Амударьи, в 8 км западнее города начинается плато Устюрт. Кунградский район ограничен на западе плато Устюрт, на востоке рекой Амударья, с севера старой береговой линией исчезающего Аральского моря, а с юга границей республики и Хорезмской области. Его территория составляет почти половину площади Каракалпакии и 12 % площади Узбекистана. Муйнак - город с 1963 г. До 1980-х гг в городе существовал порт на южном берегу Аральского моря и рыбоконсервный комбинат, являвшиеся градообразующими предприятиями. В 1960-х гг началось строительство мелиоративных каналов от Амударьи для орошения хлопчатника, в Аральское море стало меньше поступать воды, оно начало мелеть. Восточная часть Аральского моря наиболее быстро отступала от Муйнака: ещё в середине 1990-х гг она находилась на расстоянии 45 км от города, а в начале 2000-х гг — на расстоянии 100 км. Кунградский район (как и весь Каракалпакстан) является зоной экологического бедствия в связи с усыханием Аральского моря.